外来種といえば神武天皇は中国大陸等の外国から、九州の日向（宮崎県）に渡ってきたと『古事記』『日本書紀』等にあり、そもそも天皇とは中国神話の三皇の一人ですから、神武の渡来が弥生時代頃（2800年前頃）にあたる以上、天皇の男系先祖は外来種ですね。日本の先住人は12万年先に住んでいました。約12万年前に先住日本人（縄文人）が日本に住んでいたことは砂原遺跡で実証されている。遺伝学の面でも、男系にあたるY染色体ハプログループDの縄文人らは、同O1b2の渡来人（弥生人）らと異なっていますし、その遺伝距離は7万年ほどあります。いいかえれば天皇の男系先祖は神武が真実なら外来種です。
なお韓国についていえば、弥生人と現在の朝鮮民族の殆どの遺伝子系統は、男系に関する限り同じY染色体ハプログループO1b2に該当している。即ち天皇が弥生人なのは神武が始祖なら明らかなので現朝鮮民族と同じ男系種族の末裔です。しかも桓武天皇の母は朝鮮の百済人、明仁上皇の母も同系統ですね。明仁上皇の母にあたる皇淳皇后は百済から渡来してきた秦氏、島津家（惟宗朝臣からの派生氏族）の末裔です。桓武天皇母の高野新笠が百済人だったことは『続日本紀』に記述があり、韓国にゆかりを感じると明仁上皇自身が発言しました。したがって現天皇家、皇室は男系である限り外来種の末裔といえます。
勿論、「神武」が実在せず、天皇のY染色体ハプログループがDだと実証され、通説が覆って、皇室は先住日本人（いわゆる蝦夷と同系統）とされる可能性も残っていますが、この場合は、神話の書き換えが必要になりますね。
